真菌性角膜炎是一种严重的致盲性疾病，该病在全世界范围内都有发病。但是目前对该病的诊断和治疗存在许多困难，其中的主要原因之一就是对该病的致病菌种及其相应的临床特点缺乏足够的了解。因此，对真菌病原学的研究就显得非常重要。
一、真菌的分类
在自然界中，有3界、5界等分类法，其中真菌独立成界。全世界估计已有记载的真菌有10万种以上，但危害人类的只有几百种，这就是医学真菌。随着研究的不断深入，可能会有更多的致病真菌被发现，而随着免疫抑制剂、广谱抗生素等的大量应用，今后可能有更多真菌会对人类产生危害。
目前国内外较多应用的是Ainsworth 1966年提出的分类系统。这个系统将真菌分为粘菌和真菌二门，而真菌门中，又根据其生物学性状分为五个亚门。这五个亚门中与医学有关的是结合菌亚门、担子菌亚门、子囊菌亚门和半知菌亚门。绝大部分致病性真菌属于半知菌亚门。
二、真菌的结构
真菌是微生物中的一个大类，它们的子实体小者用显微镜才能见到，大者可达数十厘米。真菌是具有真正的细胞核，产生孢子和不含叶绿素，以寄生和腐生等方式吸取养料，仅少数类群为单细胞，其它都有分支和不分支的丝状体，能进行有性和（或）无性繁殖，具有纤维素（或其它葡聚糖）或几丁质的微纤维或者兼有的细胞壁的有机体。
菌丝细胞的结构自外向内包括细胞壁、细胞膜、细胞质和细胞核。细胞壁主要由纤维状和无定型物质组成。纤维状物包括几丁质和纤维素。无定型物质有蛋白质、甘露聚糖和葡聚糖。细胞膜呈液态镶嵌结构，主要是由卵磷脂为主和蛋白质组成。由于真菌既有细胞壁又有细胞膜,药物治疗相对困难，目前大多数抗真菌药物都是通过破坏真菌细胞膜结构发挥作用的，其它新型药物也在研究中。但是对用于眼科的抗真菌制剂研究较少。
三、真菌性角膜炎的致病菌种
目前已发现70余种真菌可引起角膜感染。根据真菌在眼部感染中的不同作用，Liesegang （1997）将其分为丝状菌和酵母菌两大类。此外还有双相菌，具有菌丝相（25-30℃）和酵母相（37℃），多引起深部真菌感染，很少导致真菌性角膜炎。
引起角膜感染的主要真菌菌种在不同地区差别较大。在发达国家及气候较寒冷地区（如美国费城和英国），文献报道最常见致病菌种为白色念珠菌（31.6%-48.4%），在发展中国家及气候温暖或炎热地区（如美国南佛罗里达州、印度、尼日利亚等），以镰刀菌和曲霉菌为主（曲霉菌12%-47%，镰刀菌16%-62%）。我国广东、河南、河北及山东地区调查显示真菌性角膜炎致病菌种以镰刀菌和曲霉菌为主。
四、真菌的病原学诊断
1．角膜刮片：这是一种阳性率很高又比较容易掌握的简单实用技术。阳性率根据操作人的经验和技巧不同而不同(33%~46%)，好的可达到90%以上。而且在一次刮片没有阳性时，可以再次在不同部位或以后随着病情进展反复多次刮片，这样往往会有阳性发现。
2。真菌培养:阳性率主要受取样的影响，而且往往要等待1周以上才有结果，所以一般被用做辅助方法，临床实用价值相对有限。但是要进行菌种鉴定，必须进行培养，必要时要进行小培养，根据孢子和分生孢子的形态结构进行菌种鉴定。因为感染角膜的真菌多属条件致病菌，许多专业人员很少对其进行深入研究，而眼科医生对此又缺乏专业知识，因此，真菌的菌种鉴定目前在国内尚有不少困难。但是这种研究具有非常重要的价值。
3。病理检查：一般用在角膜移植术后的确诊和预后参考，了解病变是否切除彻底、菌丝是否穿透了后弹力层等。很少有必要在术前进行组织活检病理检查。
4。共焦显微镜：共焦显微镜用于真菌性角膜炎的诊断是其最有意义的临床应用之一。它可以快速、无创伤、重复检查，而且可以动态观察病变的发展，菌丝的侵袭情况，其作用类似于活体病理检查。该检查的阳性率可达98.6%，只是该仪器造价昂贵，目前在我国还难以推广。
五、真菌感染的机理
1．发病诱因
角膜感染主要是条件致病真菌，内源性鲜有报道。主要是外源性感染。丝状真菌感染发病前多有植物性眼外伤史，或戴角膜接触镜和既往眼部手术史，酵母菌感染多与机体免疫功能失调有关，如全身长期应用免疫抑制剂或单疱病毒性角膜炎、干燥性角结膜炎、暴露性角膜炎长期局部使用糖皮质激素或抗生素病史。
2．感染途径
真菌在自然界分布广泛。念珠菌等主要存在于健康人的皮肤、粘膜和肠道等处。曲霉菌主要存在于植物，谷物表面。毛霉菌广泛存在于土壤、肥料、谷物等处。

3．感染机理
迄今为止对角膜真菌感染的发病机理研究极少（MEDLINE检索1965年至今仅见3篇文献），近年国外对全身其它部位（如肺、肾、血液及口腔、阴道粘膜等）真菌感染的发病机理研究已较为成熟。研究证明真菌的感染主要有2个关键步骤：真菌的粘附和分泌酶类破坏周围组织。
4．机体的天然防御系统是目前一个新的研究热点。