北京协和医院眼科，成立于1921年，是中国最早成立的眼科。许多国际一流的眼科学家，如Dr. Fuchs 父子曾在这里工作。被誉为“东方的维也纳眼科中心”。我国许多著名的眼科专家都出自北京协和医院眼科。 经过八十年的发展，形成了基础扎实、工作严谨、临床科研并进的传统。成为专业齐全，融医、教、研一体的眼科基地，整体水平在国内处于领先地位。眼底病、青光眼、眼科临床流行病与防盲、角膜屈光手术、神经眼科及葡萄膜炎专业组均为国内公认的优势学科。是国内首批博士点单位，1984年成为中国医学科学院眼科研究中心。目前有副教授以上职称的在职工作人员12人。近5年在国内外各类期刊发表论文近百篇，参加各类国际会议报告论文百余人次。已经完成或正在完成的国家或部级以及与美国NIH合作的科研项目20余项，获得国家及部级奖励10余项。编写或参与编写眼科学术专著数十部，其中国内第一部系统全面的眼底病专著《眼底病学》获得了北京市科技进步一等奖，培养眼科博士及硕士研究生50余名。

    眼底病学组，在国内最早开展糖尿病视网膜病变的发病机制和临床诊治研究；最早开展眼底荧光血管造影及眼底病的激光治疗；最早开展增殖性糖尿病视网膜病变的玻璃体；视网膜黄斑前膜；黄斑下膜及光感受器和视网膜色素上皮移植的手术；最早开展了脉络膜血管造影的基础及临床研究。目前进行的视网膜移植研究、老年黄斑变性脉络膜毛细血管与视网膜色素上皮相关因子相互作用和调控及增殖性玻璃体视网膜病变的肝细胞生长因子视网膜色素上皮细胞活化模型的研究在国际上属于领先课题。青光眼学组，青光眼是眼科最早成立的专科之一。在青光眼的早期诊断、治疗方面进行了开创性工作。其临床诊治水平处于国内领先水平。在原发性闭角型青光眼中，通过发病机理的研究，形成了一套成熟的早期诊断方法，在原发性开角型青光眼中，最早建立了青光眼的诊断筛查负荷试验。率先在国内开展激光扫描眼底镜在青光眼诊断治疗和预后中的应用，激光虹膜切除、激光小梁成形术，房水引流装置置入手术。眼科流行病学，在国内率先开始建立农村防盲基地。通过与世界卫生组织（WHO）及美国国家眼科研究所(NEI)的合作，防盲研究工作进入世界先进行列。89年西藏白内障流行病学调查，获美国眼科和视觉研究学会优秀论文奖。91年白内障的干预试验，证实维生素B2可降低核性白内障的患病率。96年白内障手术效果及其生活质量的研究，首次在全国进行了整群随机抽样研究，对大规模的白内障手术效果提出了新的要求。98年及2000年与WHO及NEI合作进行了以人群为基础的儿童屈光不正及其随访研究，使该领域的研究处于国际领先水平。该研究结果在2000年日内瓦举行的关于预防和治疗儿童屈光不正的国际会议上，成为WHO决策的重要的基础资料。角膜病及屈光手术组：在我国最先开展准分子激光角膜屈光手术。8年来为上万名近视患者提供了良好的治疗手段和效果，并为国内15个屈光角膜中心进行了培训。开展角膜扫描共聚焦显微镜检查，使单疱病毒性角膜炎，真菌性角膜炎，棘阿米巴角膜炎的诊治水平处于国内领先地位。协和眼库是全国最早建立的眼库之一。已经成功培养了角膜基质细胞并传代，研究了细胞生长因子（bFGF）与角膜上皮生长及角膜创伤修复的关系。为临床药物治疗提供了依据。